中国农科院科技创新工程将以“服务产业重大科技需求、跃居世界农业科技高端”为使命，以“建设世界一流农业科研院所”为目标，以全球视野谋划科技开放合作，主要建立以学科体系为核心的创新构架，即构建“学科集群-学科领域-研究方向”三级学科体系，从根本上解决各研究所科研方向分散重复的问题，提高全院的创新能力和创新效率；建立以持续稳定支持为特征的科研创新模式，按照学科发展方向和国家重大科技创新需求，确定各学科和研究方向的重点任务，长期稳定开展研究活动；建立以协同攻关为特征的开放办院模式，健全完善以中国农科院为主导，院外科研机构、大学共同参与的协同创新机制，推动各学科集群内部各类创新资源共建共享、学科集群之间互相衔接支持，营造有利于全院学科交叉、集成发展的学术环境；建立以绩效管理为核心的考核评价机制，充分发挥绩效考评对全院学科布局调整、体制机制创新的引导作用，对院所发展的撬动作用和对创新资源优化配置的促进作用，提高院所自主创新活力、整体运行效率和资金投入产出率；建立以“开放、竞争、流动”为特征的选人用人机制，按照“按需设岗、按岗聘人、岗位固定、人员流动”的原则，坚持德才兼备的标准，面向国内外公开招聘首席科学家、骨干专家、研究助理等优秀人才，建立以人为本、以研为先的新型人才培养任用机制。

　　中国农科院科技创新工程规划分三个阶段，第一阶段为试点探索期（2013—2015年），重点推行机制改革创新，逐步建立以绩效管理为核心的人才团队建设、科研管理等考核、评价、激励新型管理制度，优化资源配置，提升创新能力，促进重大成果产出。第二阶段为调整推进期（2016—2020年），重点开展试点期绩效评估总结，进一步调整优化创新工程任务，全面实施创新工程各项新型管理制度，形成“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，创新能力大幅提升，基本建成世界一流农业科研院所。第三阶段为全面发展期（2021—2025年），重点健全完善国际领先的农业科研组织方式，凝聚一批世界知名的农业科学家，建立完善一批世界领先的创新平台，建立完善遍布全球的科技合作网络，创新能力全面提升，全院整体进入世界一流农业科研院所行列。

　　通过实施中国农科院科技创新工程，将更加增强中国农科院改革排头兵、创新国家队、决策智囊团的地位，凸显其在我国农业科技发展中的引领与主导作用，在解决我国农业发展全局性、战略性、关键性技术问题上的核心作用，在国际学术界的骨干与引领作用。