此外，特产研究所参与的“重要动物病毒病防控技术研究与应用”获国家科技进步奖一等奖；作物科学研究所参与的“抗除草剂谷子新种质创制与利用”、生物技术研究所参与的“高产抗病优质杂交棉品种GS豫杂35、豫杂37的选育及其应用”、中国水稻研究所参与的“水田杂草安全高效防控技术研究与应用”、哈尔滨兽医研究所参与的“P3和P4实验室生物安全技术与应用”等4项成果也获评国家科技进步奖二等奖。

获得2012年度国家科技奖励二等奖的6项成果分别是，北京畜牧兽医研究所李奎研究员主持完成的“猪产肉性状相关重要基因发掘、分子标记开发及其育种应用”获国家技术发明奖二等奖；农业资源与农业区划研究所唐华俊研究员主持完成的“主要农作物遥感监测关键技术研究及业务化应用”、北京畜牧兽医研究所王加启研究员主持完成的“优质乳生产的奶牛营养调控与规范化饲养关键技术及应用”、农业环境与可持续发展研究所董红敏研究员主持完成的“畜禽粪便沼气处理清洁发展机制方法学和技术开发与应用”、中国水稻研究所胡培松研究员主持完成的“优质早籼高效育种技术研创及新品种选育应用”和柑桔研究所周常勇研究员主持完成的“柑桔良种无病毒三级繁育体系构建与应用”等5项成果分获国家科技进步奖二等奖。　陈万权研究员带领研究团队，针对小麦条锈病难以有效防控这一国际性难题，历经18年的协作攻关，提出了“重点治理越夏易变区、持续控制冬季繁殖区和全面预防春季流行区”的病害分区治理策略，创建了以生物多样性利用为核心，以生态抗灾、生物控害、化学减灾为目标的小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系。该成果2009-2011年在全国8省（市、区）累计推广应用2.3亿亩，有效控制了条锈病的暴发流行，增收节支93.32亿元，为国家粮食生产九连增作出了重大贡献。中国农科院8项成果荣获国家科技奖励

       2012年度国家科学技术奖励大会在人民大会堂隆重举行。中国农业科学院所属研究所作为第一完成单位共有8项成果获得国家科技奖励，获奖数量创历史最高纪录。其中，作物科学研究所王连铮研究员主持完成的“广适高产优质大豆新品种中黄13的选育与应用”和植物保护研究所陈万权研究员主持完成的“小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系的构建与应用”等2项成果获国家科技进步奖一等奖。